Le nom de la ville n'a pas changé d'orthographe depuis 976, date à laquelle elle apparaît déjà sous ce nom, issu du mot "Cortis" signifiant "Clôture".

C’est le château qui décida de l'implantation du village, il fut construit conjointement par Bérenger Castlan et l'abbé d'Arles en 1189. A l'époque, l'abbé dû demander une autorisation à Alphonse 1er parce que toutes les places fortes de la région appartenaient aux vicomtes de Castelnou.

Durant la période des rois de Majorque le château fut résidence royale et reçu le roi Jacques 1er et sa cour.

Au début du XVIe siècle la seigneurie de St Jean appartenait à Gaudéric Pagès. Celui-ci épousa la fille de Louis d'Oms, seigneur de Cerbère.